Die Geschichte der Stadtpfarrkirche in Müncheberg ist zugleich eine Chronik der Stadt. Anfang des 13. Jh. errichteten Mönche des Zisterzienser-Ordens eine Kirche als erstes festes Gebäude der Stadt auf der höchsten Erhebung des Geländes. In den folgenden Jahrhunderten wurde die Kirche mehrfach um- und ausgebaut. Erst in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts erhielt die Kirche ihre heutige Grundform. Der heutige Turm der Kirche wurde 1829 nach Plänen von Karl Friedrich Schinkel neu aufgebaut, da der alte Turm nach der Besetzung durch französische Truppen nicht mehr saniert werden konnte.
Zum Ende des 2. Weltkrieges wurden die Stadt und ihre Kirche Opfer schwerster Kampfhandlungen. Die Stadt war in der Folge weitgehend eine Trümmerlandschaft. Auch die Kirche erhielt schwere Artillerietreffer und brannte vollständig aus. Alle Bemühungen zum Wiederaufbau in den Nachkriegsjahren und der Folgezeit scheiterten.
Erst nach der Wiedervereinigung der beiden deutschen Staaten wurde es möglich, die Kirche mit einem neuen Konzept wieder aufzubauen. So ist die Kirche St. Marien zu Müncheberg über die Jahrhunderte ein Symbol für den Lebenswillen und die Auferstehung geworden bis in die heutige Zeit.